Ders Adı Gen Ekspresyon Analiz Yöntemleri
Ders Kodu cd4c533fb0084db1b9
Dersin Türü Zorunlu
Ders Biriminin Seviyesi Lisansüstü
Yıl Hazırlık
Dönem 2.Yarıyıl
AKTS 6
Dersi Veren(ler)
Dersin Yardımcıları
Dersin Öğrenme Çıktıları 1) Gen ekspresyonun nasıl düzenlendiğini bilir. 2) Gen ekspresyonunun ölçülmesinde kullanılan yöntemleri bilir. 3) Gen ekspresyon analizinde elde edilen verilerin nasıl analiz edileceğini bilir.
Ders İşleme Biçimi Yüz Yüze
-
Dersin İçeriği Sentral dogma, eukaryotik ve prokaryotik transkripsiyon, gen ekspresyonu, eukaryotik ve prokaryotik gen ekspresyonunun düzenlenmesi, RT-PCR tekniği, yarı kantitatif (semi-quantitative) RT-PCR tekniğinin gen ifadesinde kullanılması, Real-time PCR ve Real time PCR tekniğinin gen ifadesinde kullanılması, Nükleik asit hibridizasyon yöntemleri ve gen ekspresyonunda kullanılması, Northern Blot, ters northern blot ve dot blot yöntemleri ve gen ifadesinde kullanılması, cDNA kütüphanelerinin kurulması ve EST analizi, çıkarımlı hibridizasyon (subtractive hibridization), farkımsal gösterim (differential display) ve gen ekspresyonunda kullanımları, cDNAAFLP, SAGE ve gen ekspreyonunda kullanımları, genom düzeyinde transkriptome analizi, mikroarray yöntemi ve kullanım alanları, mikroarray verilerinin analizi ve gen ekspresyon profillemesi.
Dersin Verildiği Diller Türkçe
Dersin Hedefleri 1) Gen ekspresyonunun nasıl duzenlendiğini öğretmek. 2) Gen ekspresyonunun nasıl belirlendiğini öğretmek. 3) Gen ekspresyon analizi sonuçlarının nasıl değerlendirildiğini öğretmek.
Dersin Amacı Bu dersin amacı gen ifadesinin nasıl ve hangi yöntemler kullanılarak ölçüldüğünün öğretilmesi ve elde edilen ekspresyon verilerinin analizlerinin nasıl yapılacağının hakkında bilgilerin verilmesidir.
WorkPlacement
Hafta Konular  
1 Sentral dogma, eukaryotik ve prokaryotik transkripsiyon.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
2 Gen ekspresyonu, eukaryotik ve prokaryotik gen ekspresyonunun düzenlenmesi.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
3 Gen ekspresyonu, eukaryotik ve prokaryotik gen ekspresyonunun düzenlenmesi.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
4 Rt-PCR tekniği, yarı kantitatif (semi-quantitative) RT-PCR tekniğinin gen ifadesinde kullanılması.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
5 Real-time PCR ve Real time PCR tekniğinin gen ifadesinde kullanılması.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
6 Nükleik asit hibridizasyon yöntemleri ve gen ekspresyonunda kullanılması.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
7 Northern Blot, ters northern blot ve dot blot yöntemleri ve gen ifadesinde kullanılması.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
8 cDNA kütüphanelerinin kurulması ve EST analizi.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
9 Çıkarımlı hibridizasyon (subtractive hibridization), farkımsal gösterim (differential display) ve kullanımları.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
10 cDNAAFLP, SAGE ve kullanımları.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
11 Genom düzeyinde transkriptome analizi.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
12 Mikroarray yöntemi ve kullanım alanları.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
13 Mikroarray verilerinin analizi ve gen ekspresyon profillemesi.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
14 Mikroarray verilerinin analizi ve gen ekspresyon profillemesi.
  Ön Hazırlık: Ders Notlarının, pp sunularının ve konu ile ilgili makalelerin 1 hafta önceden öğrencilere verilmesi
No Bölüm Öğrenme Çıktısı Katkı Düzeyi
1 İleri hücre biyolojisi, biyokimya, genetik ilkeleri, moleküler genetik ve biyoteknoloji ile ilişkili ilke ve kavramlar hakkında geniş bilgi birikimi edinir. 4
Yarıyıl İçi Çalışmaları Sayısı Katkı Payı
Ara Sınav 1 50
Kısa Sınav 1 20
Ödev 1 30
Devam 0 0
Uygulama 0 0
Labaratuvar 0 0
Proje 0 0
Atölye 0 0
Seminer 0 0
Arazi Çalışması 0 0
TOPLAM 100
Yıliçinin Başarıya Oranı 40
Finalin Başarıya Oranı 60
TOPLAM 100
AKTS kredilerinin belirlenmesinde öğrenci işyükü anketlerinden faydalanılmaktadır.
Etkinlik Sayısı Süresi Toplam
Ders Süresi (Sınav Haftaları Hariç) 14 3 42
Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi 14 5 70
Ödevler 1 20 20
Sunum 1 15 15
Proje 0 0 0
Laboratuar Çalışması 0 0 0
Arazi ya da Alan Çalışması 0 0 0
Ara Sınavlar 1 14 14
Yarıyıl Sonu Sınavı 1 16 16
İşyükü Saati (30) 30
Toplam İşyükü / Saat 177    
Dersin Akts Kredisi 6    
Ders Notu Çeşitli kaynaklar kullanılarak hazırlanan ders notları, pp sunuları, konularla ilgili makaleler.
Diğer Kaynaklar Lodish, H., A. Berk, S. L. Zipursky, P. Matsudari, D. Baltimore, J. Darnell. 2000. Molecular Cell Biology-4th edition. W. H. Freeman Company, NY. Lewin, B. 2002. Genes VII. Oxford University Pres Inc, New York. Baldi, P. and G. W. Hatfield. 2002. DNA Mikroarryas and Gene Expression. Cambridge University Pres. Stekel, D. 2003. Mikroarray and Bioinformatics. Cambridge University Press.
Materyal
Dökümanlar Dönem başında hazırlanan ders notlarının pp sunularının ve konularla ilgili makalelerin ğrencilere verilmesi.
Ödevler Belli aralıklarla öğrencilere ödevler verilerek öğrencilerin konularda daha bilgili olmalarını sağlamak.
Sınavlar Belli aralıklarla yapılan küçük sınavlarla işlenen konuları hatırlatmak.
Materyal Diğer
Planlanmış Öğrenme Faaliyetleri ve Öğretim Yöntemleri
Konferanslar, Uygulamalı Dersler, Sunumlar, Seminerler, Projeler, Laboratuar Uygulamaları(gerekirse)